במשחק, השחקן הוא חייל אמריקאי בשם בי.ג'יי. בלאזקוביץ', המנסה לברוח ממבצר-נאצי, המאוכלס בשומרים נאצים חמושים ובכלבי-תקיפה. בי.ג'יי. החייל מתחיל את המשחק חמוש באקדח וסכין בלבד, לאחר שהתגבר על השומר הנאצי בתאו. ומגלה שאחותו ונסה בלאזקוביץ' שבויה במבצר.
המבצר בנוי כמעין מבוך, עם חדרים נסתרים רבים, מסדרונות ארוכים ומפותלים, ואוצרות רבים הפזורים בו. השחקן יכול לאסוף תחמושת לנשקיו (כל הנשקים במשחק משתמשים באותו סוג תחמושת), אוכל וערכות רפואה המחדשים את בריאותו, ואוצרות, הנותנים לו ניקוד.
לאחר שבלאזקוביץ' בורח מתאו, הוא מנסה לחמוק מהטירה הנאצית. הוא נלחם את דרכו החוצה, תוך כדי חיסול חיילים נאצים פשוטים (בין האויבים הזכורים מהמשחק, במדיהם החומים, והקריאה שהשמיעו כשנתקלו בשחקן - "Achtung!" - "זהירות"), ואף חיילי אס אס (בעלי תת מקלע).
בסוף הפרק הראשון, מגיע בלאזקוביץ' ל"בוס" הראשון, העומד בינו לבין הדרך החוצה מהטירה - שומר הכלא האנס גרוס (מאוחר יותר, בפרקים נוספים ששוחררו למשחק, השחקן נלחם גם באחותו של האנס, גרטל. למעשה, היא אותה דמות, רק בחליפה אדומה במקום כחולה, עם שיער ארוך, ואודם). בי.ג'יי. בלאזקוביץ' מביס אותו ובורח מהטירה הנאצית.
לאחר שהוא בורח מהמבצר, מתחיל הפרק השני - "מבצע אייזנפאוסט". מיד עם תחילת הפרק, ברור שבי.ג'יי. כבר אינו בכלא - הסביבה שונה, הקירות מכוסים בצמחייה מוזרה וטחב, והאויבים הם מוטנטים עם מקלע מחובר לחזם.
ה"בוס" של פרק זה הוא דוקטור Schabbs הנורא, האדם שמאחורי יצירת המוטנטים, והאחראי על הלוחמה הביולוגית ברייך השלישי. בקרב נגדו, הוא משליך מזרקים מלאים בחומר רעיל, ואם השחקן נהרג על ידי המזרקים, הוא הופך למוטנט בעצמו.
לאחר תבוסתו של הד"ר בידי בלאזקוביץ', מתחיל הפרק השלישי (והאחרון, בסדר כרונולוגי) - "מות!, פיהרר, מות!". בי.ג'יי. בלאזקוביץ' נלחם דרך שורות של חיילים נאצים, ומגיע לבונקר שמתחת לרייכסטאג (בית הנבחרים הגרמני). בתום הפרק, נלחם השחקן באדולף היטלר, הלבוש בחליפת-קרב רובוטית, ומצויד בארבעה מקלעים קטלניים. לאחר שהחליפה נהרסת בקרב, הוא עובר להילחם בלעדיה, כשהוא אוחז מקלע בכל אחת מידיו. במותו, ממלמל היטלר "אווה, להתראות". בגופתו מוצאים מפתח המשחרר את השבויים וביניהם אחותו ונסה בלאזקוביץ'.